O setor de Almoxarifado da ASCOMCER desempenha um papel de apoio e tem como principal objetivo abastecer os diferentes setores da instituição de forma segura e racional. Uma das funções é acompanhar o consumo do estoque e realizar pedidos ao setor de Compras a fim de suprir as necessidades de materiais diversos disponibilizados no hospital.
 

O setor também é responsável pelo fornecimento dos produtos químicos já diluídos para os setores de Higiene e Limpeza, Nutrição, Lavanderia e Enfermagem.